A assistência hospitalar no Brasil teve seu início logo após o Descobrimento, pois Portugal tinha como hábito transferir para as colônias seu acervo cultural, e nesse período estava em evolução um sistema criado em 1498, pela Rainha D. Leonor, viúva de D. João II, com total apoio do Rei D. Manoel I.

A Rainha instituiu uma Irmandade de Invocação a Nossa Senhora da Misericórdia, com “cem homens de boa fama, sã consciência e vida honesta”, assumindo o compromisso de apoiar os mais desfavorecidos e levar a cabo as 14 Obras de Misericórdia:

7 espirituais, mais orientadas para questões morais e religiosas:

Ensinar os simples
Dar bom conselho
Corrigir com caridade os que errar
Consolar os que sofrem
Perdoar os que nos ofendem
Sofrer as injúrias com paciência
Rezar a Deus pelos vivos e pelos mortos
7 corporais, relacionados, sobretudo, com preocupações materiais:

Remir os cativos e visitar os presos
Curar e assistir os doentes
Vestir os nus
Dar de comer a quem tem fome
Dar de beber a quem tem sede
Dar pousada aos peregrinos
Sepultar os mortos
O primeiro atendimento a doentes no Rio de Janeiro foi à marinheiros espanhóis com escorbuto, da esquadra do Almirante Diogo Flores de Valdés, que chegaram a praia de Santa Luzia. Pe. José de Anchieta junto com os índios fez infusões e medicamentos com plantas medicinais curando os marinheiros. Diz-se que aí começa a história da Santa Casa da Misericórdia no Brasil.

O aterro do mar pelo desmonte do morro do Castelo possibilitou a ampliação do prédio existente, inaugurado em 1852, onde atualmente situam-se as enfermarias e os Serviços do Hospital Geral. Cada enfermaria e cada Serviço tem um Chefe, nomeado pelo Provedor da Irmandade Santa Casa da Misericórdia.

Em 1808 foi criada pelo príncipe regente D. João a Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio de Janeiro, então com o nome de Escola de Anatomia, Medicina e Cirurgia, e instalada no Hospital Militar do Morro do Castelo. Em 1856, a Faculdade de Medicina foi transferida para o prédio do Recolhimento das Órfãs, na Rua Santa Luzia, ao lado da Santa Casa de Misericórdia.

O curso de Medicina mantinha os custos de cada enfermaria/Serviço assim como o pagamento dos médicos/professores e funcionários para que seus alunos pudessem atender no Hospital Geral.

Em 1965, a Universidade do Brasil passou a ser denominada Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e, em 1973, foi determinada a transferência da Faculdade de Medicina, ainda localizada na Praia Vermelha, para o Campus da Cidade Universitária, na Ilha do Fundão, onde se encontra atualmente.

Em 1o de março de 1978 foi inaugurado o Hospital Universitário Clementino Fraga Filho (HUCFF), local para onde foram transferidas a maioria das disciplinas Clínicas e Cirúrgicas ligadas à Faculdade.

Com isso, toda estrutura da Medicina da então Universidade Federal do Rio de Janeiro na Santa Casa foi transferida, esvaziando o Hospital Geral. Alguns importantes professores mantiveram suas enfermarias na Santa Casa, mas sem a verba da universidade para manter os custos.

Na década XX, as faculdades de Medicina da Fundação Técnica Souza Marques e da Gama Filho passaram a utilizar o Hospital Geral como centro de treinamento para seus alunos. O local se tornou vivo novamente com estudantes, médicos e pacientes circulando pelas suas instalações. Muitos dos professores das faculdades eram Chefes de Serviço e assistentes do hospital, e exerciam as funções de professor e médico no mesmo local. Com recursos provenientes dos cemitérios e de aluguéis dos imóveis, a folha de pagamento dos funcionários era mantida em dia.

Com a saída do Provedor Dahas Zarur em 2013, a Secretaria de Vigilância Sanitária interditou o Hospital Geral. Em poucos dias alguns Serviços, tais como: Laboratório, Radiologia, Ressonância Magnética e Banco de Sangue foram autorizados a funcionar. Entretanto, as enfermarias continuaram impedidas de funcionar porque muitas instalações não estavam de acordo com as normas da Secretaria da Vigilância Sanitária.

Pela promessa do então candidato a Governador do Estado do Rio de Janeiro e posteriormente eleito, Luiz Fernando Pezão, a primeira ajuda veio em forma de um compromisso da Universidade Estácio de Sá em adequar seis (6) enfermarias, contratar os Chefes e alguns assistentes dessas enfermarias e adequar algumas outras questões para prover o ensino dos estudantes de Medicina, oriundos da antiga Universidade Gama Filho. As adequações feitas pela Universidade Estácio de Sá não foram aceitas pela SUVISA, não permitindo a reabertura das enfermarias. As datas para a reabertura foram proteladas pela 4a vez.

Enquanto isto, quatro enfermarias cirúrgicas tiveram autorização para praticarem pequenos procedimentos com o compromisso de alta hospitalar no mesmo dia. A situação das demais enfermarias cirúrgicas é muito mais complexa porque as exigências da SUVISA é que o Hospital Geral tenha um centro cirúrgico único e um CTI. Isto está sendo programado pela RAF Arquitetura com apoio do Rio Solidário presidido pela primeira dama do Estado, senhora Maria Lúcia Cautiero Horta Jardim. Entretanto, o projeto não fica pronto, o custo estimado é alto, há dificuldades para as adaptações necessárias e sem recursos para a operacionalização do projeto. Várias reuniões têm sido realizadas aonde o histórico é repetido, mas nada de concreto acontece.

O relatório fornecido pelo Diretor Geral do Provedor da Irmandade no dia 21 de outubro de 2015 repete exatamente o relatório fornecido pelo Diretor Administrativo do Hospital quatro meses antes.

Nova reunião realizada no dia 10 de novembro de 2015, novamente com a presença da primeira dama do Estado, o relatório seguiu a sequência do histórico e das possibilidades de abertura das enfermarias, reunião considerada positiva e esperançosa.